Fakultas Perikanan dengan seluruh sumberdaya yang dimiliki dalam proses perkembangan-nya  telah melakukan hubungan-hubungan kerjasama dengan berbagai pihak baik pemerin-tahan maupun swasta.  Kerjasama dapat bersifat kelembagaan atau individu dosen.  Lingkup kerjasama meliputi kegiatan pendidikan, penelitian dan pengembangan serta pembinaan ma-syarakat.  Beberapa instansi pemerintah yang telah menjalin kerjasama diantaranya; Dinas Perikanan dan Kelautan serta Bappeda baik propinsi maupun kabupaten dalam wilayah Kalimantan Selatan, Kalimantan Tengah dan Kalimantan Timur.   Loka Budidaya Air Tawar Mandiangin, Balai Benih Ikan Sentral Karang Intan,  Balai Budidaya Air Payau Jepara,  Depar-temen Transmigrasi, Departemen Koperasi, LIPI, LON-LIPI, Ditjen Dikti,   Kerjasama yang dilakukan antara lain;

Kerfjasama dengan pihak Perusahaan Swasta seperti  PT. Bonecom Ujung Pandang, PT. Kalimantan Fisheries, PT Suri Tani Pemuka, PT. Misaya Mitra, PT Wirantono Coldstorage and Industri, PT Adaro, PT Arutmin, CV. Widya Jasa Bandaran.  Diantara kerjasama yang telah dilakukan  adalah;